liu liming さん、こんにちは。

「５．３　HD または CF への書き込み」の手順は USB メモリでの動作も手元の PC で確認してますので、QNX 6.4.0 では基本的には
問題ないと思います。

>　ある時、USBメモリはHDとして認識されますが、ある時USB設備として認識されます。

QNX 6.4.x では、USB メモリは USB デバイスとして認識されるはずですが、どんな時に HD として認識されますか？

> USB設備の場合、コピーが出来ますが、再起動してUSB設備中の内容をチェックすると、起動イメージがないことが分かりました。

USB メモリに書き込んだはずのファイルが書き込まれてないケースとしては、書き込みを実行してから実際に USB メモリに書き込み
が行われる前に USB メモリを取り外したり、OS をシャットダウンしてしまったことが考えられます。
USB メモリに書き込みを行ったら、5 秒くらい待ってから unmount したり、sync を実行してディスクキャッシュの内容が確実に USB
 メモリに書き込まれてから取り外したり、OS をシャットダウンするようにして下さい。

いま、QNX 6.4.1 のランタイム環境構築ノートを作成していますので、もし何か分かりましたらノートを変更しておきます。

また、liu liming さんはたくさんの書き込みを行われているようですが、確実に問題を解決したり、解決までの時間に制限があるよ
うでしたら、QNX 社のテクニカルサポートを利用することをおすすめします。