自己解決しました。

開放したパーティションは
Windows上で拡張パーティションとして残ったままでした。
この状態だと、QNX上からはパーティションが残ったままになっています。

プライマリパーティションとして登録後、
QNXインストール時に上記パーティションの削除を聞いてくるので
削除してからインストール。

Type 179を選択

途中の質問でデュアルブートを聞いてくるので、デュアルブートでの
インストールを選択。

ＰＣ再起動でデュアルブート出来るようになりました。

ご質問の状況は恐らく、

C ドライブ：　プライマリーパーティションで Windows XP がインストールされている。
D, E ドライブ：　拡張パーティション内に２つの論理ドライブが作成されている。
ハードディスクに空き領域はない。

となっていると推測します。
この場合 QNX から見ると、プライマリーパーティションと拡張パーティションの２つのパーティションしか見えません。
D, E ドライブはあくまでひとつの拡張パーティション内に作成された、ふたつの論理的なドライブですので、そのうちの E ドライブ
を開放したとしても、QNX からはインストール可能な空き領域とは認識することができません。

このため、QNX Neutrino とデュアルブートを構成するためには、まず、

1) D ドライブのデータをバックアップ
2) D, E ドライブを削除
3) 拡張パーティションの削除
4) 50 GB の拡張パーティションの作成
5) 拡張パーティションに論理ドライブ D を作成
6) D ドライブにデータをリストア

を行って、50 GB の空き領域を作成する必要があります。

もし上記が可能なようでしたら、また投稿して下さい。
その次の手順を回答するようにします。
よろしくお願いします。